漳江口红树林国家级自然保护区位于福建省漳州市云霄县漳江入海口，地理位置为东经117°24′07″～117°30′00″，北纬23°53′45″～23°56′00″，保护区总面积2360hm2，为福建省最重要的湿地生态系统类型的国家级自然保护区。区内丰富的浮游动植物为150多种鸟类、240多种水生动物和近400种水生物提供了栖息和觅食的理想场所。是以红树林湿地生态系统、濒危动植物物种和东南沿海优质、水产种质资源为主要保护对象的湿地生态系统类型保护区。

        植物资源方面，区内有维管束植物 224 种，有红树植物 5 科 6 属 6 种，盐沼植物 16 科27 属 29 种 1 变种，滨海植物 59 科 152 属 184 种。区内营养丰富，从而微生物资源丰富，有微生物 12 科 27 属 45 种，与陆地生境的微生物数量比较，红树林土壤细菌数量高于一般陆地生境，而土壤放线菌、真菌数量较少是漳江口红树林国家级自然保护区土壤微生物数量分布的主要特征。

        动物资源方面，野生脊椎动物共 359 种，其中哺乳动物 9科 14 种，鸟类 38科154种，爬行类 11 科 37 种，两栖类 5 科 13种，鱼类 141 种。列入国家一级重点保护的动物有中华白海豚和缅甸蟒蛇2种， 列入国家二级重点保护的动物有宽吻海豚、 黄嘴白鹭、 小杓鹬、小青脚鹬、绿海龟、棱皮龟、太平洋丽龟、虎纹蛙等 19 种。省级重点保护动物 24 种。保护区鸟类中具有众多的双边国际性协定保护的候鸟，其中中日候鸟保护协定保护的鸟类 77 种、中澳候鸟保护协定保护的鸟类 41 种。保护区红树林区潮间带底栖动物 28 种。潮下带底栖生物 181 种。海区浮游植物 201 种，其中硅藻 165 种。浮游动物 180 种，其中水母类 59 种，桡足类 71 种。

        漳江口红树林国家级自然保护区是以红树林湿地生态系统、濒危动植物物种和东南沿海优质、水产种质资源为主要保护对象的湿地生态系统类型保护区。是中国北回归线北侧种类最多，生长最好的红树林天然群落。漳江口保护区内有红树林、芦苇、卡开芦沼泽、短叶茳芏盐沼、江河、滩涂、河滩、鱼塘、水田等多种天然及人工湿地、滩涂底质有泥滩、泥沙滩、沙滩等各种类型，河网密布，湿地环境多样。保护区内红树林植物主要分布有秋茄、木榄等红树科植物，还有紫金牛科的桐花树、马鞭科的白骨壤、大戟科的海漆、爵床科的老鼠簕以及伴生植物三叶鱼藤等，保存了福建省面积最大、中国天然分布最北大面积天然红树林，具有较高的自然属性和典型的红树林群落特征，具有保护研究价值，是湿地生物多样性的宝库之一。